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Filed under Computer/HPC
mpich2  여러노드 연결하여 사용하기
[] mpd 띄우기
vi ~/.mpd.conf  mpd를 띄우기 위한 환경설정 파일
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MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
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chmod 600 ~/.mpd.conf
 
master node : mpd --listenport=4268
slave node : mpd -h mmfe -p 4268 -n
 여기서 slave의 -h 뒤에는 master node의 hostname을 써줘야 한다.
 mpiexe로 모델을 던질때 mpich통신은 mpich2같은경우에는 시스템 hostname과 같아야한다.
 
[] 각 노드들이 하나의 mpd로 묶였는지 확인하기
mpdtrace -l   or mpdtrace
이렇게 명령을 날려주면 mpd 묶인 hostname list가 전체 출력된다.
 
 
[] 모델 실행하기
 
mpiexe -n cpu_number -host 시스템_hostname -wdir 모델file이존재하는디렉토리 모델file : -n cpu_number -host 다음_시스템_hostname -wdir 모델file이존재하는디렉토리  모델file
 
예제) mpiexe -n 4  -host mmf7 -wdir /usr/local/mpich2-1.0.5p4_pgi-706_64/share/examples_logging cpilog : -n 4 -wdir /usr/local/mpich2-1.0.5p4_pgi-706_64/share/examples_logging -host mmfe cpilog
 
 
[] 모델 실행하기
일반적인 mpirun하고 약간 유사 (단일 노드 실행시)

[]mpich2 컴파일하기
export RSHCOMMAND=/usr/bin/rsh
./configure --prefix=/usr/local/mpich2-1.0.5p4_pgi-706_64
 
or
 
export RSHCOMMAND=/usr/bin/rsh
./configure CXX=pgCC CC=pgcc F77=pgf77 F90=pgf90 CFLAGS="-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse"  FFLAGS="-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse" CXXFLAGS="-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse" F90FLAGS="-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse" -prefix=/usr/local/mpich2-1.0.5p4-pgi-706_64 --enable-timing=runtime --enable-f77 --enable-f90 --enable-cxx --enable-romio --enable-threads=multiple --enable-mpe --with-thread-package=pthreads
 
컴파일하다가 에러나면 header file을 못찾아서 생기는 증상이므로 아래의 주소를 INCLUDES 옵션에
추가해주면 깔끔하게 컴파일된다. 각 에러나는 디렉토리의 Makefile에 추가해준다.
#Add error Makefile around INCLUDES options
#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/datatype  \
#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/sock  \
#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/sock/poll  \
#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/include  \
#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/channels/sock/include
 
에러났던 디렉토리들
여기서 /opt/CEPluster/work/mpich는 본인이 mpich2-1.0.5p4 컴파일하기위해 압축 풀어놓은 위치입니다. 자신의 컴퓨터 환경에 맞도록 수정하셔야합니다.
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/sock/poll
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/channels/sock/src
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/src
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpi/romio/mpi-io
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpi/romio/adio/common
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpi/romio/mpi-io/glue/mpich2
#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/util/sock
2007/08/05 13:57 2007/08/05 13:57

CEP's Blog -by Kage Park :: mpich2 컴파일 및 간략한 사용법

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